Die Kanaren, auch Fuerteventura, wurden von Ureinwohnern, den Guanchen, bewohnt. Als Herkunft vermutet man nordafrikanische Berberstämme, welche ab etwa 3000 v. Chr. die Inseln besiedelten.
Ab dem 30. Jahrhundert v. Chr. findet eine erste Besiedlung der Kanaren in mindestens zwei Wellen statt.
Um das 11. Jahrhundert v. Chr. besuchen wahrscheinlich phönizische Seefahrer Fuerteventura und Lanzarote, eindeutig belegt ist dies jedoch nicht.
Um 850 v. Chr. beschreibt der griechische Dichter Homer in der Odyssee die Kanaren als „Die Inseln der Glückseligen“. Quer über die Landenge der Insel, welche den nördlichen Teil vom Südlichen trennte, soll es bis zur Ankunft der Spanier im 15. Jahrhundert einen Steinwall gegeben haben. Er grenzte die zwei Königreiche der Insel in das nördliche Maxorata mit König Guize und das südliche Gandía (heute Jandía) mit König Ayoze ab. Beim Durchwandern der Landenge von Jandía kann man unterhalb des Windparkes von Costa Calma auf Reste einer dicken, etwa drei Meter hohen Mauer treffen. Ob es der echte Wall der Legende ist, ist fraglich.
1312 landete Lancelotto Malocello auf Lanzarote. Aufgrund seiner fantastischen Berichte brachen 1340 Spanier und Portugiesen mit Expeditionen in Richtung Kanaren auf. Die Inseln wurden von europäischen Goldsuchern, Händlern und Sklavenjägern heimgesucht.
1402 startete der Normanne Jean de Béthencourt seine Expedition von Lanzarote aus, das er vorher unterworfen hatte. Im Januar 1405 ließ sich König Guize mit seinen Gefolgsleuten taufen. Einen Tag später folgte auch König Ayoze mit vielen seiner Einwohner. Die Könige verblieben auf der Insel und bekamen sogar Ländereien zurück. Betancuria wurde als Hauptstadt gegründet.
1412 legte Béthencourt den Lehnseid vor dem spanischen König ab.
1424 wurde Fuerteventura aus politischen Gründen Bistum. Der Bischof trat sein Amt aber nie vor Ort an.
1430 wurde die Ernennung zum Bistum für ungültig erklärt und Guillén de las Casas erwarb den Besitzanspruch auf die Insel.
1441 kam der Franziskanermönch Didakus auf die Insel und gründete das Kloster Fortaventure. Er gilt als Missionar der Guanchen.
1456 ging der Besitz des Guillén auf dessen Erben, Diego García de Herrera, über. Herrera und seine Nachfolger herrschten als Señores über die Insel und erschlossen sie systematisch. Wichtige Einnahmequelle des Herrera-Clans war die Sklavenjagd an der nordafrikanischen Küste.
1708 war die Gründung einer Militärherrschaft (die Coroneles, die Obersten) mit Sitz in La Oliva.
1740 landeten englische Korsaren bei Gran Tarajal und wollten die Insel unterwerfen, sie wurden jedoch in zwei Schlachten bei Tuineje besiegt. Während des 17. und 18. Jahrhunderts kam es immer wieder zu Überfällen von Freibeutern.
1834 wurde Antigua neue Hauptstadt, 1835 wurde der Verwaltungssitz nach Puerto de Cabras (heute: Puerto del Rosario) verlegt. 1836 wurde die Feudalherrschaft der Señores abgeschafft. 1852 wurden die Kanarischen Inseln von Isabella II. zur Freihandelszone erklärt. Die Militärherrschaft über die Insel wurde 1859 aufgelöst und Puerto de Cabras wurde 1860 schließlich die neue und jetzige Hauptstadt der Insel.
1912 wurden den Kanaren die Selbstverwaltungsrechte (Cabildo Insular) zugestanden. Fuerteventura und Lanzarote wurden 1927 Teil der Provinz Las Palmas.
1966 kamen die ersten Urlauber auf die Insel.
1975 wurden etwa 4.500 spanische Fremdenlegionäre nach Puerto del Rosario verlegt. In den darauf folgenden Jahren führten die Legionäre ein Schreckensregime, bei dem ein Bürgermeister und der Inselpräsident ermordet werden.
1982 bekamen die Kanarischen Inseln einen eigenen Autonomiestatus.
1986 trat Spanien der EG bei, die Kanaren behalten ihren Sonderstatus. Der Fremdenverkehr wurde 1990 zur wichtigsten Einnahmequelle der Insel; die Bautätigkeiten erreichten ihren Höhepunkt. Die Fremdenlegion wurde 1996 wieder von Fuerteventura abgezogen.